Писатель-сатирик, публицист, поэт и общественный деятель. Наиболее известен как автор фантастической тетралогии «Путешествия Гулливера». Основным источником сведений о семье Свифта и его ранних годах является «Автобиографический фрагмент», который был написан Свифтом в 1731 году и охватывает события до 1700 года. Там говорится, что в годы гражданской войны семья деда Свифта переселилась из Кентербери в Ирландию.
Свифт родился 30 ноября 1667 года в ирландском городе Дублин в небогатой протестантской семье. Отец, мелкий судейский чиновник, умер, когда сын ещё не родился, оставив семью (жену, дочь и сына) в бедственном положении. Поэтому воспитанием мальчика занимался дядя Годвин, с матерью Джонатан почти не встречался. После школы он поступил в Тринити-колледж Дублинского университета (1682), который закончил в 1686 году. В результате обучения Свифт получил степень бакалавра и пожизненное скептическое отношение к научным премудростям. В связи с гражданской войной, начавшейся в Ирландии после свержения короля Якова II (1688), Свифт уехал в Англию, где пробыл 2 года. В Англии он служил секретарём у сына знакомого матери (по другим сведениям, её дальнего родственника) — состоятельного отставного дипломата Уильяма Темпла. В имении Темпла Свифт впервые встретил Эстер Джонсон (1681—1728), дочь служанки, рано потерявшую отца. Эстер тогда было всего 8 лет; Свифт стал её другом и учителем.
В 1690 году он вернулся в Ирландию, хотя позже неоднократно посещал Темпла. Для поиска должности Темпл вручил ему характеристику-рекомендацию, в которой отмечались хорошее знание латинского и греческого языков, знакомство с французским и отменные литературные способности. Именно в эти годы Свифт начинает литературное творчество, сначала как поэт. Влиятельного Темпла посещали многочисленные именитые гости, включая короля Вильгельма, и наблюдение за их беседами дало неоценимый материал будущему сатирику. В 1692 году Свифт получил звание магистра в Оксфорде, а в 1694 году принял духовный сан англиканской церкви. Он был назначен священником в ирландский посёлок Килрут. Однако вскоре Свифт вернулся на службу к Темплу, который в январе 1699 года умирает. В 1700 году Свифт назначен служителем (пребендарием) собора Святого Патрика в Дублине. В этот период он публикует несколько анонимных памфлетов. В 1702 году Свифт получил степень доктора богословия в Тринити-колледже. Сближается с оппозиционной партией вигов. В эти годы Свифт часто посещает Англию, заводит знакомства в литературных кругах. В 1705 году виги на несколько лет завоевали большинство в парламенте, однако улучшения нравов не произошло. Свифт вернулся в Ирландию, где ему предоставили приход (в деревне Ларакор) и проживал там до конца 1707 года. Около 1707 года Свифт познакомился с другой девушкой, 19-летней Эстер Ваномри, которую Свифт в своих письмах называл Ванессой. Она, как и Эстер Джонсон, росла без отца (торговца-голландца). Сохранилась часть писем Ванессы к Свифту. В то же время Свифт почти ежедневно пишет Эстер Джонсон (её Свифт именовал Стеллой); позднее эти письма составили его книгу «Дневник для Стеллы», изданный посмертно. Эстер-Стелла, оставшись сиротой, поселилась в ирландском поместье Свифта вместе со своей компаньонкой, на правах воспитанницы. Часть биографов, опираясь на свидетельства друзей Свифта, предполагает, что он и Стелла тайно обвенчались около 1716 года, но документальных подтверждений этому не обнаружено.
В 1710 году тори пришли к власти в Англии, и Свифт, разочаровавшийся в политике вигов, выступил в поддержку правительства. В некоторых областях их интересы действительно совпадали: тори свернули войну с Людовиком XIV (Утрехтский мир), осудили коррупцию и пуританский фанатизм. Именно к этому и призывал ранее Свифт. В знак благодарности Свифту предоставили страницы консервативного еженедельника, где в течение нескольких лет публиковались памфлеты Свифта. В 1713 году с помощью друзей из лагеря тори Свифт назначен деканом собора Святого Патрика. С 1720 года Свифт включился в борьбу за автономию Ирландии, разоряемой в интересах английской метрополии. В эти же годы Свифт начинает работу над «Путешествиями Гулливера». В 1724 были анонимно изданы и разошлись многотысячным тиражом мятежные «Письма суконщика», призывающие к бойкоту английских товаров и неполновесной английской монеты. С этого момента англиканский декан Свифт стал национальным героем и неофициальным лидером католической Ирландии. В ответ на продолжавшееся экономическое давление метрополии, Свифт из собственных средств учредил фонд помощи дублинским горожанам, которым грозило разорение, причём не делал различия между католиками и англиканами. Бурный скандал по всей Англии и Ирландии вызвал знаменитый памфлет Свифта «Скромное предложение».
В 1726 году выходят первые два тома «Путешествий Гулливера» (без указания имени настоящего автора); остальные два были опубликованы в следующем году. Книга, несколько подпорченная цензурой, пользуется невиданным успехом. За несколько месяцев она переиздавалась трижды, вскоре появились её переводы на другие языки. В 1729 году Свифту присваивается звание почётного гражданина Дублина, выходят его собрания сочинений.
В последние годы Свифт страдал от серьёзного душевного расстройства. В 1742 году после инсульта Свифт потерял речь и (частично) умственные способности, после чего был признан недееспособным. Три года спустя (1745) Свифт скончался. Похоронен в центральном нефе своего собора рядом с могилой Эстер Джонсон, эпитафию на надгробной плите он сам сочинил заранее, ещё в 1740 году: "Здесь покоится тело Джонатана Свифта, декана этого собора, и суровое негодование уже не раздирает его сердце. Ступай, путник, и подражай, если можешь, тому, кто мужественно боролся за дело свободы."
Большую часть своего состояния Свифт завещал употребить на создание лечебницы для душевнобольных; «Госпиталь Святого Патрика для имбецилов» был открыт в Дублине в 1757 году и существует по сей день, являясь старейшей в Ирландии психиатрической клиникой.
В честь Свифта названы: кратер на Луне; кратер на одном из угаданных им спутников Марса (В «Путешествиях Гулливера» упоминаются два спутника Марса, открытые только в XIX веке.); площадь (англ. Dean Swift Square) и улица в Дублине, а также улицы в нескольких других городах. В Дублине установлены два бюста Свифта: в Тринити-колледже, мраморный, автор: Луи Франсуа Рубийяк, 1749; в соборе св. Патрика, автор: Патрик Каннингэм, 1766.